2009年6月，经市政府批准，合肥市轨道交通集团有限公司正式成立。公司属国有独资公司，由合肥市建设投资控股（集团）有限公司投资设立，注册资本伍拾叁亿五仟玖佰万元。与合肥市轨道交通建设办公室合署办公。公司主要从事城市轨道交通建设、运营及沿线相关资源开发。经营范围包括：城市轨道交通项目策划、投资、建设、运营管理和资源开发；系统设备租赁、经销；轨道交通沿线及相关地区、地下空间资源开发及管理；物业管理；酒店管理；城市基础设施设计及咨询；代理设计、制作、发布国内广告。
组织结构
2018年1月6日， 长三角城市轨道交通企业领导人第四次圆桌会议在肥组织召开，来自上海、南京、杭州、宁波、苏州、无锡、常州、合肥等8个城市轨道交通企业领导人齐聚一堂，围绕“推动区域联动互通，实现地铁创新发展”这一主题，共谋长三角城市轨道交通发展大计，共话创新发展美好未来。
2018年1月15日， 合肥轨道交通自助购票机微信扫码支付购票功能全面上线，进一步方便了广大乘客购票乘车。
2018年5月23日 ，合肥轨道交通迎来历史性的时刻，线网总客流成功突破1亿人次。
2018年6月22日， 合肥市轨道交通3号线机电安装和车站装修工程在样板站新海大道站正式启动，标志着3号线工程建设取得重大进展，正式进入机电安装、车站装修施工阶段。
2018年7月24日 ，合肥市轨道交通3号线首列车正式开工监造，标志着3号线距离开通运营又近了一步。
2018年7月-9月， 公司承办合肥市2018年度（第十九届）职业技能竞赛、合肥市2018年劳动和技能竞赛两项赛事，高水平的展示了合轨职工风采，并为中国城市轨道交通协会“新誉杯”首届全国城市轨道交通行业职业技能竞赛和国家交通运输部“捷安杯”第十届全国交通运输行业城市轨道交通职业技能大赛选送能手。
2018年12月12日，合肥轨道交通线网（1、2号线）各车站正式上线启用“银联移动支付过闸技术”，乘客只需用手机即可完成支付过闸乘车，享受智能公共交通带来的高效与便捷。
2018年12月20日，合肥市轨道交通3号线“合肥站～新蚌埠路站”盾构区间左线贯通，标志着3号线地下盾构区间实现全线洞通。
2018年12月24日 ，国家发改委正式受理《合肥市城市轨道交通近期建设规划（2018-2023）》，标志着合肥市轨道交通第三轮建设规划报批工作进入快车道。
2018年12月24日 ，合肥轨道交通二维码过闸技术在我市轨道交通线网（1、2号线）各车站正式上线公测，合肥轨道交通加入全国轨道交通扫码过闸大家族，紧跟移动支付的潮流。